Miał choćby pogrubioną przyśrodkową część auditory bulla.
Ułożeniem siekaczy również przypominał późniejsze walenie, podobnie jak wysokimi koronami tylnych przedtrzonowców.
Podobnie jak przedstawiciele rodziny Pakicetidae, Indohyus miał wydłużony ogon oraz kończyny, brakowało jednak u niego niektórych występujących u Pakicetidae przystosowań do prowadzenia wodnego trybu życia, dlatego też był prawdopodobnie bardziej niż one związany z lądem. Smukłe kości szkieletu pozaczaszkowego przypominają te występujące u lądowych parzystokopytnych, lecz wykazuje jednocześnie wstępną formę osteosklerozy – cechy wiążącej się z wodnym trybem życia, w bardziej zaawansowanej formie obecnej u Pakicetidae.
Systematyka Thewissen i współpracownicy w wydaniu czasopisma „Nature” z grudnia 2007 stwierdzają na podstawie wyjątkowo kompletnego szkieletu Indohyus odkrytego w Kaszmirze, że Raoellidae mogą być taksonem siostrzanym waleni (Cetacea). Analiza filogenetyczna przeprowadzona przez autorów potwierdza, że Indohyus i walenie są grupami siostrzanymi. Oczywiście można by zdefiniować walenie w ten sposób, by Indohyus również się do niej zaliczał, badacze jednak wolą zaliczać doń Pakicetidae, Ambulocetidae, Remingtonocetidae, Basilosauridae, zębowce i fiszbinowce.