Rufin napisał dzieło Apologia przeciw Hieronimowi, zaś Hieronim – Apologia przeciw Rufinowi. Dawnych przyjaciół próbował wówczas pojednać Augustyn z Hippony.
W latach 400-407 Rufin przebywał w Akwilei. Następnie, uciekając przed najazdem Gotów, udał się na południe Italii, a potem na Sycylię, gdzie zmarł.
Dzieła Dzieła Rufina obejmują przekłady i pisma samodzielne.
Przekłady pism greckich Ojców Kościoła na łacinę stanowią ogromną większość dorobku pisarskiego Rufina. Przekłady te znacząco przyczyniły się do przeszczepienia greckiej myśli teologicznej na grunt łaciński i rozwoju teologii w zachodniej części imperium rzymskiego. Rufin unikał przekładu dosłownego, preferując wierność myśli, zawartej w oryginale. Z tego powodu oraz ze względu na dobry styl jego przekłady były cenione i cieszyły się uznaniem, m.in. Chromancjusza z Akwilei, Gaudencjusza z Brescii, Paulina z Noli, Augustyna, Jana Kasjana i Gennadiusza.