W 1773 po I rozbiorze Polski Mogilno znalazło się pod zaborem pruskim, a nowe władze przejęły majątek klasztorny, a w 1816 zabroniły przyjmowania nowicjuszy. W 1833 klasztor został całkowicie zamknięty, a budynki oddane miejscowym katolikom (kościół) oraz ewangelikom (zabudowania klasztoru z przeznaczeniem na szkołę). Po 1880 w budynkach mieścił się szpital, przy czym kościół klasztorny nadal pełnił funkcję parafialne. Po powrocie Mogilna do Polski w klasztorze ponownie mieściła się szkoła oraz przytułek, w 1934 przeprowadzono remont, natomiast w czasie II wojny światowej niemieccy hitlerowcy rozlokowali w nim kolejno obóz przejściowy, obóz jeniecki, więzienie dla Żydówek oraz szpital.
W latach 70. XX wieku naukowcy z UMK podjęli badania archeologiczne i historyczne w klasztorze, dokonano wówczas również remontu obiektu.
Architektura Kościół św. Jana Apostoła Zespół mogileńskiego klasztoru znajduje się przy dzisiejszej ulicy Benedyktyńskiej. Wejście na teren zabudowań prowadzi przez osiemnastowieczną trójdzielną bramę (dawniej znajdował się tam most przez fosę).