W 1913 przed fasadą wybudowano przedsionek w stylu neobarokowym.
W obecnej formie kościół jest bazyliką trójnawową bez transeptu, z prezbiterium na planie zbliżonym do kwadratu, zamkniętym od wschodu apsydą oraz z dwuwieżową fasadą zachodnią z przedsionkiem między wieżami. Korpus jest trójprzęsłowy. Prezbiterium oraz nawa główna są przekryte późnogotyckimi sklepieniami z 1. poł. XVI w.; w prezbiterium i nawie głównej są to sklepienia gwiaździste, w nawach bocznych zastosowano sklepienia kryształowe.
Wyposażenie wnętrz klasztoru i kościoła pochodzi z okresu przebudowy w XVIII wieku. Główny ołtarz reprezentuje styl rokokowy; jego centralnym punktem jest wcześniejszy, siedemnastowieczny obraz Matki Boskiej Śnieżnej. Z kolei w 1884 z ołtarzem została połączona płaskorzeźba – kopia Ostatniej Wieczerzy Leonarda da Vinci. Poza ołtarzem na wyposażenie kościoła św. Jana składają się stalle z lat 1760–1770, ołtarze boczne z tego samego okresu, rokokowa ambona oraz dziewiętnastowieczna chrzcielnica. Prospekt organowy pochodzi z 1 poł. XVII wieku. W kaplicy bocznej znajduje się obraz Matki Boskiej Bolesnej. Pod całym kompleksem znajduje się zespół podziemi nakrytych sklepieniem kolebkowym, w których odnaleziono w latach 70. grób jednego ze średniowiecznych opatów mogileńskich oraz wiele naczyń z gliny.