Okres II wojny światowej – walki frontowe, okupacja radziecka, później niemiecka – przyniósł dezorganizację życia parafialnego, ofiary w ludziach i wielkie straty materialne. W 1952 Siemiatycze zostały siedzibą powiatu, co spowodowało wzrost ilości mieszkańców, w związku z czym również parafia prawosławna powiększyła się liczebnie. W 1966 uroczyście obchodzono 100-lecie istnienia cerkwi parafialnej. 1 maja 1973 świątynia doznała poważnych zniszczeń wskutek pożaru, jednak w ciągu kilku kolejnych lat odrestaurowano wnętrze cerkwi oraz ikony, przybyło też wiele nowych untensyliów. W latach 1982–1990 wzniesiono nowy dom parafialny z baptysterium św. Męczennika Gabriela, poświęcony 12 lipca 1990. W tym samym roku rozpoczęto generalny remont cerkwi, m.in. położono nowe tynki, wymieniono podłogę, wykonano nową stolarkę, zainstalowano nowy system ogrzewczy i nagłaśniający, odrestaurowano ikony i pozłocono ich ramy, wykonano polichromię, zbudowano murowane ogrodzenie wokół świątyni.