W 1991 parafia kupiła działkę przy ulicy Władysława Sikorskiego w celu wzniesienia nowej cerkwi. W 1992 zbudowano tam prowizoryczną drewnianą cerkiew pod wezwaniem św. Proroka Eliasza. Materiał budowlany pochodził ze starego domu parafialnego. Była to już druga filia parafii w Siemiatyczach; pierwsza działała w Rogawce, użytkując XIX-wieczną cerkiew pod wezwaniem Cudownego Zbawiciela. Kolejna, trzecia filia parafii powstała w Boratyńcu Ruskim, kiedy wierni z tej miejscowości i pobliskich Siemiatycz-Stacji ofiarowali ziemię pod budowę świątyni. Cerkiew pod wezwaniem św. Anny – według projektu architekta Michała Bałasza – zaczęto wznosić w 1994.
Przełomowym wydarzeniem w życiu wspólnoty był dekret metropolity Bazylego z 16 sierpnia 1996, zgodnie z którym z parafii Świętych Apostołów Piotra i Pawła w Siemiatyczach wydzielono 3 nowe parafie – Zmartwychwstania Pańskiego w Siemiatyczach, św. Anny w Boratyńcu Ruskim i Cudownego Zbawiciela w Rogawce.
18 sierpnia 2001 parafię odwiedził w drodze na Grabarkę patriarcha Aleksandrii i całej Afryki Piotr VII.