W połowie lat 80. miały miejsce kolejne zmiany organizacyjne. Na podstawie zarządzenia nr 0112/Org. MSW z 8 września 1984 dowódca KBWOP, otrzymał polecenie sformowania batalionu granicznego Kaszubskiej Brygady WOP (bgr WOP) na okres „P” w Kętrzynie (wg etatu nr 44/0111). Batalion graniczny KBWOP w Kętrzynie pozostawał na zaopatrzeniu CSWOPZarządzenie dowódcy WOP nr 051/Org. z 14.09.1984 w sprawie zmian organizacyjnych w WOP.. Batalion graniczny Kaszubskiej Brygady WOP Kętrzyn, został rozformowany na podstawie zarządzenia dowódcy WOP nr 023/Org. z 16 czerwca 1989 w połowie tego roku, a od 1 sierpnia 1989 dowódca KBWOP przejął bezpośrednie dowodzenie strażnicami kadrowymi WOP w: Braniewie, Górowie Iławeckim, Bartoszycach i BarcianachZarządzenie dowódcy WOP nr 023/Org. z 16.06.1989 w sprawie zmian organizacyjnych w WOP..
Na podstawie decyzji MSW z 24 maja 1989, zaakceptowano zmiany w organizacji jednostek WOP ujęte w planie restrukturyzacji. Jednocześnie dowódca WOP otrzymał polecenie rozformowania batalionów portowych WOP, na wybrzeżu do 30 czerwca 1990.