W październiku 1986 roku libijska policja aresztowała Oueddeia. Podczas procesu został on postrzelony w brzuch. W następstwie brutalnego traktowania ze strony władz libijskich, Oueddei zerwał stosunki z rządem libijskim i przeniósł się do Algierii w lutym 1987 roku. Jednak wielu specjalistów od politologii spierało się, czy Oueddei rzeczywiście poróżnił się ze swoimi dawnymi sprzymierzeńcami w Libii, aż do lipca 1987 r. gdy oświadczył on osobiście, że jest w dobrych stosunkach z rządem w Trypolisie.
17 kwietnia 2007 r. Goukouni spotkał się w stolicy Gabonu, Libreville, z obecnym prezydentem Czadu, Idrissem Débym, w celu uzgodnienia sposobów zakończenia trwającej aktualnie wojny pomiędzy Czadem a rebeliantami czadyjskimi, wspieranymi przez władze Sudanu. Stwierdziwszy, że Czad jest w śmiertelnym niebezpieczeństwie, Goukouni zadeklarował, że mógłby spróbować wykorzystać swój „autorytet moralny” dla ratowania kraju. Wyraził również chęć powrotu do Czadu z wygnania i w trakcie wywiadu powiedział, że prezydent Déby przychylił się do prośby o pozwolenie na jego repatriację. 19 kwietnia 2007 r. przywódcy dwóch ugrupowań powstańczych odrzucili propozycję mediacji, wysuniętą przez Goukouniego.