W 1987 roku The Bad Seeds wystąpili w filmie Wima Wendersa Niebo nad Berlinem. Od roku 1990 wszyscy członkowie zespołu jednomyślnie postanowili zaprzestać zażywania tzw. twardych narkotyków. W tym samym roku dokonano przeprowadzki do Brazylii oraz wydano album The Good Son. Kolejną płytą zespołu była wydana w 1992 roku Henry’s Dream, w nagraniu której udział wzięli nowi członkowie zespołu, Martyn Casey oraz Conway Savage. Następnym albumem był Let Love In z 1994 roku.
W 1996 Nick Cave and the Bad Seeds wydali Murder Ballads. Zawarta jest na nim piosenka „Henry Lee”, duet ze znaną brytyjską piosenkarką rockową PJ Harvey (z którą Cave miał przelotny romans w tym czasie), oraz „Where the Wild Roses Grow”, duet z australijską piosenkarką pop Kylie Minogue. Piosenka ta okazała się jak do tej pory największym przebojem zespołu, zdobywając trzy nagrody australijskiego przemysłu muzycznego ARIA Awards, w tym tytuł „Piosenka roku”.
Kolejny album, The Boatman’s Call (1997), jest naznaczony radykalną zmianą od swojego pierwotnego archetypu i narracji nacechowanej przemocą do biograficznych i pełnych wyznań piosenek dotyczących związków z brazylijką Carneiro oraz PJ Harvey.