14 czerwca 1940 roku został aresztowany przez gestapo w Krakowie, a 18 lipca przewieziony do niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau transportem z więzienia Montelupich. W KL Auschwitz otrzymał nr 1393. Ze względu na dobrą znajomość języka niemieckiego kierownictwo obozu zatrudniło Bernarda Świerczynę w charakterze pisarza w magazynie odzieżowym. Tu kontynuował pracę konspiracyjną, dzięki której rotmistrz Pilecki, (przybyły do obozu 21.09.1940 roku) na podstawie zebranych już materiałów mógł opublikować je później aliantom. Po nawiązaniu współpracy z działaczami Związku Walki Zbrojnej i Związku Organizacji Wojskowej wszedł w skład ścisłego grona organizatorów ruchu oporu na terenie obozu oświęcimskiego. Bernard Świerczyna należał do najbardziej aktywnych członków ZWZ, a także wszedł do dowództwa Rady Wojskowej Obozu. W 1944 roku podjął próbę ucieczki, podczas której został schwytany i ponownie osadzony w obozie, z zastosowaniem zaostrzonych rygorów. 30 grudnia 1944 roku Bernard Świerczyna został powieszony w ostatniej publicznej egzekucji na terenie KL Auschwitz. Osadzony przed egzekucja w podziemiach bloku 11, w celi nr 11 pozostawił po sobie ślad o wartości historycznej.