Otwarcie tunelu nastąpiło 15 stycznia 2007. Remont przewidywał m.in. wymianę podtorza na płytę żelbetową z ułożeniem nawierzchni w systemie szynowych podpór blokowych, nowy system odwodnienia torowiska i konstrukcji nośnej tunelu, nowy układ okablowania dla potrzeb energetycznych i urządzeń sterowania ruchem pociągów, nowoczesne zabezpieczenie przeciwpożarowe wraz z budową nowej instalacji hydrantowej i instalacji oddymiających, dróg ewakuacyjnych, naprawę otuliny konstrukcji nośnej tunelu oraz zabezpieczenie tunelu przed drganiami i hałasem.
Po jego zakończeniu dopuszczalna prędkość pociągów w tunelu południowym wzrosła do 60 km/h i mogą one kursować w odstępach trzyminutowych. Jednak zdaniem niektórych ekspertów przy remoncie tunelu popełniono kilka błędów, m.in. w dalszym ciągu nieprawidłowo działa odwodnienie; wskutek ułożenia kolejnej warstwy mieszanki betonowej zmniejszono wysokość tunelu uniemożliwiając przejazd pociągów piętrowych zakupionych przez Koleje Mazowieckie, ponieważ odstęp między siecią trakcyjną a dachem wagonu jest mniejszy, niż pozwalają na to przepisy.