W lutym i maju 1944 roku kolejnych 350 więźniów z „obozu specjalnego” wysłano do Auschwitz. Tym samym spośród ogólnej liczby 14 600 więźniów przebywających w „obozie wymiany” zginęło co najmniej 3550 osób: ponad 1400 w Belsen, a około 2150 w Auschwitz.
W Männerlager (części męskiej „obozu dla rekonwalescentów”) więźniowie jeszcze bardziej cierpieli z powodu braku opieki, niedożywienia, chorób oraz złego traktowania przez strażników. Tysiące z nich zmarło. Latem 1944 roku co najmniej 200 mężczyzn zamordowano na rozkaz SS poprzez wstrzyknięcie fenolu do żył.
W Bergen-Belsen nie było komór gazowych, gdyż masowe mordy przeprowadzano w obozach położonych na wschód od Niemiec. Mimo to, według aktualnych szacunków, w Belsen zginęło ponad 50 000 osób – Żydów, Czechów, Polaków, niemieckich antyfaszystów, homoseksualistów oraz Romów i Sinti. Wśród ofiar obozu znaleźli się: członek francuskiego ruchu oporu Jean Maurice Paul Jules de Noailles, 6. książę Ayen (zmarł 14 kwietnia 1945, dzień przed wyzwoleniem) oraz czeski malarz i pisarz Josef Čapek (zmarł prawdopodobnie w kwietniu 1945) – twórca słowa „robot”, spopularyzowanego następnie przez jego brata, Karela Čapka.