Nie mając szans na regularne występy w pierwszym zespole Realu Sociedad, przeniósł się do grającego w Segunda División CD Toledo, a po spadku tej drużyny do Segunda División B został piłkarzem Racingu Ferrol. Rozegrał również jeden sezon w barwach CD Leganés. W 2003 roku został piłkarzem grającej w Segunda División B drużyny Lorca Deportiva CF. W 2004 roku w wieku 33 lat zakończył karierę piłkarską.
Kariera trenerska Unai Emery uprawnienia trenerskie zdobył jeszcze jako piłkarz Racingu Ferrol.
Lorca Deportiva
Sezon 2004/05 rozpoczął jako piłkarz. W grudniu 2004 roku, po porażce z drużyną AD Ceuta, zwolniony został trener Quique Yagüe. Emery niespodziewanie otrzymał propozycję jego zastąpienia, którą przyjął ze względu na ciężką kontuzję kolana. Prowadzona przez niego drużyna zajęła na koniec sezonu 4. miejsce, dające prawo gry w barażach o awans do Segunda División, które wygrała pokonując drużyny Alicante CF i Real Unión Irún. W kolejnym sezonie prowadzona przez Emerego Lorca Deportiva była rewelacją Segunda División, do końca walcząc o awans do Primera División. Ostatecznie straciła szansę na awans po bezbramkowym remisie z Levante UD.
Almeria