Konflikt doprowadził do dymisji rządu. W grudniu 1991 roku odbył się pierwsze wolne i powszechne wybory parlamentarne. Także te wybory wygrali islamiści. Dojście do władzy fundamentalistów zatrzymała armia, która już w styczniu 1992 roku przeprowadziła zamach stanu. Do dymisji poddał się prezydent Szadli Bendżedid a pełnię władzy objęła dyktatura wojskowa. Władzę w imieniu wojska sprawowała oficjalnie pięcioosobowa Rada Państwa z Mohammedem Budiafem (zginął on jeszcze w tym samym roku z rąk islamistyczne nastawionego ochroniarza) na czele. Armia nieutożsamiająca się z żadną z opcji politycznych oświadczyła, że nie zgadza się na rządy islamistów, a wybory nie odbędą się póki kraj nie zostanie ustabilizowany.
Junta ze względu na swój sprzeciw wobec islamizmu zyskała poparcie sąsiadów i wielu krajów Europy. Zachęceni tym poparciem wojskowi wprowadzili stan wyjątkowy. Decyzja junty sprowokowała wybuch wojny domowej.