Eskalacja walk W odpowiedzi na niedopuszczenie do rządów Islamskiego Frontu Ocalenia, najbardziej radykalni islamiści utworzyli Zbrojną Grupę Islamską. Grupa ta stosowała metody partyzanckie i nie uznawała zwierzchnictwa bardziej umiarkowanego Frontu Ocalenia. Powstanie Zbrojnej Grupy Islamskiej przyczyniło się do delegalizacji Front Ocalenia w marcu 1992. Zdelegalizowana partia przeszła do konspiracji, a jej liderzy, którzy nie zostali aresztowali, uciekli poza granicę Algierii. Partia jawnie nie nawoływała do wojny, niemniej jednak w 1993 roku z jej inicjatywy utworzono Islamską Armię Ocalenia. Tym samym wojnę z rządem wojskowym (a także między sobą) prowadziły już dwie odrębne od siebie grupy partyzanckie.
Grupy partyzanckie w ramach walki o budowę państwa islamskiego, prowadziła politykę terroru. Represyjne działania islamistów objęły głównie ludność cywilną i obejmowały masowe masakry prostej ludności. Działania te miały zastraszyć ludność i zmusić juntę do ustępstw. Szczególnym echem odbyły się masakry w Rais i Bentalha przeprowadzone przez islamistów we wrześniu 1997 roku. W ich trakcie islamiści zamordowali wszystkich mieszkańców wsi. Partyzanci nie oszczędzili nawet kobiet w ciąży.