Pod koniec grudnia, gdy budynek z komorami gazowymi był już gotowy, polskich robotników zwolniono. Odtąd niemal wszystkie prace wykonywała grupa około 120–150 Żydów, których sprowadzono z Lubyczy Królewskiej. Więźniowie ci byli źle żywieni i brutalnie traktowani. Po zakończeniu budowy zostali zamordowani.
Pod nadzorem Wirtha przeprowadzono także serię „eksperymentów” z gazowaniem ludzi. Ofiarą pierwszego padli wspomniani żydowscy robotnicy z Lubyczy Królewskiej. Michael Tregenza twierdził, że do połowy marca w Bełżcu zgładzono jeszcze 2–3 „eksperymentalne” transporty; przypuszczał, że znaleźli się w nich chorzy psychicznie i niepełnosprawni Żydzi niemieccy, których sprowadzono z „gett tranzytowych” w Piaskach i Izbicy. Informacji tej nie potwierdzał Robert Kuwałek; jego zdaniem techniki gazowania były udoskonalane podczas likwidacji pierwszych masowych transportów.