Ostatecznie trafił do niewoli niemieckiej, ciężko ranny przewieziony został do prowizorycznego obozu jeńców wojennych, potem do szpitala w Kielcach. Zakwalifikowany przez polskich lekarzy jako przypadek beznadziejny został zwolniony i 18 listopada oddany pod opiekę brata, po czym wywieziony do Łodzi na rekonwalescencjęAndrzej Grzywacz, Andrzej Jończyk; Wojenne losy gen. Pawło Szandruka; Zeszyty Historyczne, Zeszyt 134, Paryż–Warszawa 2001 s. 124.Pavlo Shandruk Arms of Valor, New York 1959, Ryszard Torzecki, Polacy i Ukraińcy: Sprawa ukraińska w czasie II wojny światowej na terenie II Rzeczypospolitej Warszawa PWN, 1993. Wartość historyczna pamiętników Szandruka, w których zresztą bardzo obszernie, rzeczowo i życzliwie pisze o swym pobycie w Polsce, służbie w WP i Polakach, nie jest przez historyków kwestionowana..
W styczniu 1940 wrócił do żony w Skierniewicach. Zadenuncjowany, został aresztowany przez Gestapo i po przesłuchaniach w siedzibie Sicherheitspolizei w Alei Szucha przez siedem miesięcy więziony w izolacji w więzieniu mokotowskim. Został zwolniony w związku z niemieckimi przygotowaniami do ataku na ZSRR.