Sytuację pogorszył jeszcze manewr drugiego pilota: ponieważ alarm włączył się tuż po wysunięciu klap, pilotka schowała klapy, co dodatkowo zmniejszyło generowaną przez skrzydła siłę nośną.
Poszukując odpowiedzi na pytanie, dlaczego dwoje wyszkolonych pilotów popełniło tak znaczące błędy (rozpoznanie przeciągnięcia i bezpieczne wyprowadzenie zeń samolotu stanowi jeden z podstawowych manewrów, jakie każdy pilot, zarówno małej awionetki, jak i dużego samolotu pasażerskiego, musi mieć opanowane; jest to stały element wszelkich egzaminów praktycznych na licencję pilota niezależnie od stopnia), śledczy uważnie przesłuchali nagrania z rejestratora rozmów. Zauważyli, że oboje piloci często byli apatyczni w czasie lotu, dodatkowo drugi pilot narzekał na zmęczenie i złe samopoczucie. Zbadano szczegółowo rozkład zajęć obydwu pilotów w dniach poprzedzających wypadek: jak się okazało, choć linie Colgan Air przestrzegały skrupulatnie wszelkich przepisów regulujących godziny pracy załogi samolotów – nikt nie zwracał większej uwagi, co piloci robią pomiędzy kolejnymi dniami roboczymi.