Zapis rozmów w kokpicie pilotów wykazał, że podczas przygotowań do lądowania, gdy załoga wysunęła klapy, nagle włączył się alarm dźwiękowy sygnalizujący wejście samolotu w przeciągnięcie oraz tzw. stick shaker – urządzenie powodujące silne wibracje steru, również wskazujące, że prędkość samolotu niebezpiecznie spada i wkrótce może on wejść w przeciągnięcie. Wkrótce potem samolot zaczął gwałtownie wytracać wysokość, po pewnym czasie dodatkowo wchodząc w korkociąg. Jednak Bombardier Q 400 ma wbudowane unikatowe zabezpieczenie, tzw. reference speeds switch: ponieważ w przypadku gromadzenia się lodu na skrzydłach maszyny zostaje zaburzony opływ powietrza wokół skrzydeł, a co za tym idzie, samolot może ulec wejściu w przepadnięcie przy wyższej prędkości niż w przypadku, gdy na skrzydłach nie osadza się lód. Choć załoga lotu 3407, widząc osadzający się w rogach okien kokpitu lód, włączyła instalację odladzającą skrzydła, kapitan zdecydował się włączyć także to dodatkowe zabezpieczenie: podczas badania szczątków kokpitu odnaleziono panel z przełącznikiem reference speeds w pozycji ON. Innymi słowy, alarm przeciągnięcia w kokpicie włączył się, pomimo że samolot poruszał się z prędkością wyraźnie przekraczającą prędkość przeciągnięcia – co jeszcze bardziej zaskoczyło śledczych.