Bracia Kern oskarżali Frémonta, że zostawił ich samych w górach. W marcu 1849 roku, gdy zima zelżała, Benjamin Kern i „Old Bill” Williams wrócili w góry, by odzyskać część dokumentacji i instrumentów, ale zostali zabici, przypuszczalnie przez Indian z plemienia UteWaldman,Wexler, s. 238..
Z Taos Frémont z garstką ludzi udał się, wytyczonym niedawno południowym szlakiem handlowym, do Kalifornii.
W 1850 otrzymał za swoje badania Złoty Medal Królewskiego Towarzystwa Geograficznego (Patron's Medal).
Polityk thumb|250px|Karykatura z okresu kampanii wyborczej W latach 1850–1851 Frémont był jednym z dwóch pierwszych senatorów ze stanu Kalifornia. W czasie kampanii wyborczej roku 1856 nowo powstała Partia Republikańska nominowała go na swojego kandydata na prezydenta. Ostatecznie przegrał z Jamesem Buchananem, aczkolwiek pokonał kandydata Partii Amerykańskiej, Millarda Fillmore’a. Frémont miał przeciw sobie wyborców z Kalifornii.
Wojna secesyjna Podczas wojny secesyjnej Frémont służył w stopniu generała-majora, m.in. jako dowódca armijnego Wydziału Zachodniego od maja do listopada 1861 roku. Frémont zastąpił na tym stanowisku generała Williama S. Harneya, który negocjował tzw. „Harney-Price Truce”, na mocy którego stan Missouri mógł pozostać neutralny wobec konfliktu dopóty, dopóki nie zacznie dostarczać ludzi lub zaopatrzenia którejś ze stron.