Mimo straty wielu koni, mułów i działa, które obsunęły się po błotnistym stoku, jego ludzie przegrupowali się następnego ranka i zajęli miasteczko bez rozlewu krwi. W kilka dni później poprowadził swych ludzi na Los Angeles, gdzie przyjął kapitulację meksykańskiego dowódcy 13 stycznia 1847 rokuTompkins, s. 33-35..
16 stycznia komandor Stockton mianował Frémonta wojskowym gubernatorem Kalifornii po zawarciu traktatu pokojowego w Cahuenga, który zakończył wojnę w Kalifornii. Jednakże generał Stephen Watts Kearny, który miał wyższy stopień, niż Frémont, a ponadto otrzymał polecenie od prezydenta i sekretarza wojny, by objąć to stanowiskoViola, s. 78., zażądał od Frémonta ustąpienia, czemu ten zdecydowanie odmówił. Kearny dał Frémontowi kilka okazji wycofania się, ale bezskutecznie. Gdy zjechali się w Fort Leavenworth w sierpniu 1847 roku, Kearny kazał aresztować Frémonta i odesłał go do Waszyngtonu celem postawienia przed sądem wojskowym, gdzie Frémont został uznany winnym buntu. Prezydent James Polk zaaprobował decyzję sądu, ale zaraz złagodził werdykt o odebraniu honorów i wydaleniu z wojska, w świetle zasług oskarżonego w czasie wojny. Frémont jednak, uważając oskarżenie za niesprawiedliwe i niehonorowe, napisał do prezydenta w lutym 1848, że jeśli nie cofnie wyroku, on odejdzie z armii.