28 czerwca nad zatoką San Francisco ludzie Frémonta ujęli trzech Meksykanów: Jose Berreyesa oraz jego bratanków Ramona i Fransciso de Haro, 19-letnich synów Francisca de Haro, pierwszego alcalda San Francisco (wówczas zwanego jeszcze Yerba Buena). Carson zapytał, co ma z nimi zrobić, na co Frémont oświadczył, że „nie ma miejsca na jeńców”. Mężczyźni zostali zastrzeleni na miejscu przez Carsona. Egzekucja tych znanych i popularnych Californianos zachwiała polityczną karierą Frémonta i stanęła na drodze do ubiegania się o stanowisko pierwszego amerykańskiego gubernatora Kalifornii. Pisząc o tej egzekucji w pół wieku później, historyk Robert A. Thompsen zanotował: „Do dnia dzisiejszego Kalifornijczycy nie mogą mówić o tym bez emocji”Robert A. Thompsen: History of California, Berkeley 1905, University of California Press, s. 174-75..
Wojna amerykańsko-meksykańska W roku 1846 Frémont (w tym czasie już podpułkownik kawalerii), zgodnie z rozkazami komandora Stocktona, poprowadził oddział 300 ludzi z zadaniem zajęcia miejscowości Santa Barbara w czasie wojny amerykańsko-meksykańskiej. Frémont poprowadził swój oddział przez przełęcz San Marcos w górach Santa Ynez podczas burzy w dniu Wigilii Bożego Narodzenia 1846 roku.