Trzecia wyprawa 1 czerwca 1845 roku John Frémont na czele 55 ludzi wyruszył z St. Louis (z Carsonem jako przewodnikiem) na kolejną wyprawę. Pierwotnym zadaniem było „odnalezienie źródeł rzeki Arkansas” na wschodnich stokach Gór Skalistych. Ale po przybyciu do Arkansas, Frémont niespodziewanie dokonał gwałtownej zmiany kierunku i skierował grupę w kierunku Kalifornii. Po przybyciu na początku 1846 roku do Doliny Kalifornijskiej, okazało się, że zadaniem Frémonta było ocenienie sytuacji amerykańskich osadników pod rządami Meksykanów i wzbudzenie wśród nich patriotycznego entuzjazmu. Obiecał im więc, że gdyby wojna z Meksykiem stała się faktem, jego „siły militarne” znajdą się tam „dla ich ochrony”, czym sprowokował wybuch „Rebelii Niedźwiedziej Flagi” w kilka miesięcy później. Następnie ruszył na północ do Oregonu, gdzie rozbił obóz nad Jeziorem Klamath.
9 maja uczestników wyprawy zaatakowała grupa Indian Modoków; w odwet Frémont przeprowadził następnego dnia uderzenie na wioskę rybacką Klamatów u ujścia rzeki Williamson do jeziora Klamath, w wyniku czego wioska została spalona, a kobiety i dzieci zmasakrowane.