Pochodzenie Prawdopodobnie wszystkie podgatunki/gatunki żółwia rozwinęły się na Galapagos od wspólnego przodka, który został przyniesiony ze stałego lądu wraz z prądem morskim, a musiał być to Prąd Peruwiański. Chociaż to wydaje się nieprawdopodobne, faktem jest, że żółwie słoniowe potrafią pływać w morzu. Wystarczyłoby, że jedna zapłodniona samica albo para żółwi przebyłaby tę drogę np. na jakiejś pływającej wyspie z konarów drzew wyniesionej przez prąd rzeki po silnej ulewie na pełne morze by skolonizować wyspy. Jest wysoce prawdopodobne, że pierwszy żółw dopłynął do brzegów wyspy San Cristóbal, a stamtąd jego potomkowie stopniowo rozproszyli się na pozostałe wyspy archipelagu tą samą drogą wraz z oceanicznym prądem. Najbliższym żyjącym krewnym żółwi słoniowych jest Chelonoidis chilensis, mały żółw znaleziony w Chile.
Pierwotny przodek żółwi był prawdopodobnie przeciętnego rozmiaru, a rozwinął się do dzisiejszych dopiero po przybyciu na Galapagos. Jest to zjawisko zauważane w wielu ekosystemach, gdzie gigantyzm rozwija się tam, gdzie zwierzę nie ma wrogów, więc nie potrzebuje ukrywać się przed drapieżnikami, a także nie ma innych podobnych zwierząt, z którymi musiałoby współzawodniczyć o żywność.