Grigorijowi udaje się jednak uciec.
Akt II Pałac Kremlowski. Córka Borysa Ksenia wspomina swojego zmarłego ukochanego, jej nastroju nie są w stanie poprawić niania i Fiodor. Nagle pojawia się Borys i nakazuje kobietom odejść, po czym ujawnia nurtujący go niepokój po zdobyciu pełni władzy oraz nękające go wizje zakrwawionego, błagającego o litość dziecka. Fiodor wychodzi, by zobaczyć, czy coś nie wydarzyło się w jego pokojach; tymczasem wchodzi Bojar, denuncjując przybyłego właśnie Wasyla Szujskiego jako intryganta politycznego. Po powrocie Fiodora car ostrzega go przed doradcami takimi jak Szujski, kiedy już odziedziczy po nim tron. Tymczasem pojawia się sam Szujski, ogłaszając pojawienie się Samozwańca. Tracący równowagę psychiczną Borys pyta Szujskiego, czy zabite dzieci mogą wracać i nękać carów Rosji, po czym pyta, czy zabity chłopiec naprawdę był Dymitrem, następcą tronu. Chociaż Szujski potwierdza ten fakt, sugeruje, że mógł mieć miejsce cud. Przerażony Borys nakazuje Szujskiemu odejść;