Dalsze rządy Kosygina i jego pozycje w rywalizacji z Breżniewem osłabiły wydarzenia takie jak konflikt nad Ussuri i operacja Dunaj, w trakcie których zajmował on umiarkowane i niechętne konfrontacji stanowisko, narażając się na coraz większą krytykę ze strony twardogłowych komunistów. Był zwolennikiem rozmów z Amerykanami, doprowadzając do rozmów o Strategic Arms Limitation Treaty, czyli Układzie o Ograniczeniu Zbrojeń Strategicznych. Do lat 70. nie udało mu się zreformować gospodarki i w rezultacie został zmuszony do powrotu do tradycyjnego prowadzenia gospodarki planowanej rozpoczynając w 1971 roku dziewiąty plan pięcioletni.
Polityka zagraniczna thumb|230px|Kosygin i Nicolae Ceaușescu (Rumunia) Na początku swojej kadencji Kosygin zakwestionował prawo Breżniewa jako sekretarza generalnego do reprezentowania kraju za granicą. Kosygin uważał, że funkcja ta powinna wpaść w ręce szefa rządu, co było powszechne w krajach spoza obozu komunistycznego. Polityka ta, choć okazała się krótkotrwała (a rolę głównych graczy w polityce zagranicznej przejęli Breżniew i Andriej Gromyko), poskutkowała tym, że Henry Kissinger uznał Kosygina za rzeczywistego przywódcę Związku Radzieckiego..