Latem 1946 przejęto od tych wojsk pozostałe odcinki, z wyjątkiem obszarów nadbrzeżnych portu szczecińskiego, które obsadzono przez jednostki polskie w październiku 1947 na podstawie specjalnego porozumienia zawartego między rządami Polski i ZSRR.
W tym okresie 4 Oddział WOP posiadał znaczne niedobory kadrowe. Dla przykładu załoga PPK w Gdańsku składała się z 3 oficerów, 9 podoficerów i 15 szeregowych, a PPK w Gdyni z 2 oficerów, 4 podoficerów i 7 szeregowych. Według stanu z 5 września 1946 braki kadry w całej jednostce sięgały 84 oficerów, 57 podoficerów i 488 szeregowych.
W pierwszych latach działalności WOP na wybrzeżu Gdańskim odnotowano znaczne ilości zjawisk przestępczych, związanych z przemytem różnorodnych towarów i osób, a największe ich natężenie występowało w portach Gdańska i Gdyni. Dlatego też celem wyeliminowania tych zjawisk wprowadzono pierwsze dokumenty określające zakres działalności żołnierzy WOP. Jednym z nich była „Tymczasowa Instrukcja Zwalczania Przemytu” z 23 stycznia 1946 podpisana przez szefa Departamentu WOP płk. Gwidona Czerwińskiego.