Ogromna struktura klanu powodowała, że również wewnątrz niej rywale walczyli o stanowiska i wpływy w aparacie centralnym i w prowincjach. Północna linia Fujiwara ustanowiła ośrodek administracyjny w Hiraizumi na północy Honsiu. Ich dominacja w tym regionie była wielokrotnie kwestionowana przez inne gałęzie rodu.
Znaczący bunt został przeprowadzony przez Sumitomo Fujiwarę (?–941) w prowincji Iyo (ob. prefektura Ehime) na Shikoku. Dowodził on dużą piracką flotą, która nękała Morze Wewnętrzne i wody między Japonią a Azją kontynentalną. Jego rewolta objęła cały region San’yō. Stał się bohaterem dla miejscowych chłopów, gdy atakował spichlerze rządowe. Bunt został jednak szybko stłumiony po jego śmierci w 941 roku.
Z biegiem lat na prowincji powstawały jednak nowe siły, które już poważnie zagroziły dominacji Fujiwarów. Znaczne wpływy uzyskały dwa rody: Minamoto (Genji) i Taira (Heike). Mając własne prywatne armie samurajów, stały się one ważnymi uczestnikami walki o władzę wewnątrz klanu Fujiwara. W 1156 roku wybuchł konflikt zbrojny, który miał dwie przyczyny. Jedną były starania rodu Fujiwara o utrzymanie władzy i wpływów. Drugą – dynastyczny spór pomiędzy dwoma synami zmarłego cesarza Toby: panującym cesarzem Go-Shirakawą i byłym cesarzem Sutoku.