5 sierpnia 1944 obóz został zdobyty przez żołnierzy batalionu „Zośka”, którzy wyzwolili 348 przebywających w nim jeszcze Żydów.
Zdaniem Marii Trzcińskiej KL Warschau miał o wiele większe rozmiary, niż przyjmuje to oficjalna historiografia, oraz stanowił obóz zagłady z komorami gazowymi, rzekomo utworzony celem eksterminacji ludności etnicznie polskiej. Teoria jest odrzucona przez IPN i większość historyków.
Geneza thumb|Pismo szefa Głównego Urzędu Gospodarczo-Administracyjnego SS Oswalda Pohla do Heinricha Himmlera z 23 lipca 1943 w sprawie utworzenia KL Warschau Pomysłodawcą utworzenia KL Warschau był Reichsführer-SS Heinrich Himmler. O obozie koncentracyjnym w Warszawie wspomniał on po raz pierwszy w piśmie z 9 października 1942, w którym informował placówki SS i Wehrmachtu w Generalnym Gubernatorstwie, że wszyscy żydowscy rzemieślnicy, którzy uniknęli dotąd deportacji do obozów zagłady, zostaną zgromadzeni „w najbliżej znajdujących się obozach koncentracyjnych, tzn. w Warszawie, Lublinie”. W obozach takich jak warszawski – organizowanych w miejscach, gdzie uprzednio mieściły się getta – mieli także docelowo zostać ulokowani żydowscy robotnicy, a także zamierzano tam uruchomić zakłady zbrojeniowe wykorzystujące ich pracę.