Równolegle, wyłączono Przewozy Regionalne z grupy PKP, przekazując spółkę w posiadanie marszałkom szesnastu województw.
W marcu 2009 roku władze pozbawionej pociągów pospiesznych spółki Przewozy Regionalne uruchomiły pod marką Interregio pierwsze komercyjne, przyspieszone pociągi osobowe objęte taryfą specjalną, w kolejnych latach rozwijając sieć na kształt utraconych pociągów pospiesznych. Posunięcie spółki było krytykowane przez władze państwowe i PKP Intercity oraz oceniane publicznie jako element nieuczciwej konkurencji na rynku kolejowym. Wątpliwości zarządcy infrastruktury torowej PKP Polskie Linie Kolejowe wzbudziło uruchamianie pociągów komercyjnych PR przy jednoczesnych zaległościach w opłatach za dostęp do torów, co poskutkowało przejściowym zablokowaniem kursowania Interregio przez kilka dni 2010 roku. Wprowadzony przez PKP PLK wraz z wejściem w życie rozkładu jazdy 2013 zakaz wjazdu na Centralną Magistralę Kolejową pociągów, które nie są w stanie osiągać prędkości większej niż 120, uniemożliwił Przewozom Regionalnym obsługę najbardziej rentownych pociągów IR posiadanymi elektrycznymi zespołami trakcyjnymi. Zakaz wymusił na spółce wynajęcie lokomotyw i formowanie składów wagonowych dla relacji Warszawa – Kraków.