Ocenia się, że zmiana obsługi trakcyjnej oraz odstąpienie od koncepcji marketingowej produktu polegającej na uruchamianiu pociągów wyłącznie w uczęszczanych relacjach z czasem przejazdu konkurencyjnym dla transportu drogowego doprowadziły do utraty rentowności komercyjnych pociągów IR.
Niektóre pociągi Interregio z czasem zyskały (w całości lub częściowo) dofinansowanie. W rozkładzie jazdy 2011/2012 pociągi Interregio Jelenia Góra – Rzeszów (IR Galicja) kursowały w granicach województwa dolnośląskiego do stacji Wrocław Główny jako pociągi osobowe REGIO, dotowane przez samorząd dolnośląski. Marszałek łódzki objął dotacją pociągi IR Warszawa – Łódź, a ministerstwo odpowiedzialne za transport pociągi transgraniczne z Ełku oraz Małkini do Grodna.
Kolejny zarząd Przewozów Regionalnych podjął w 2015 roku decyzję o zlikwidowaniu sieci komercyjnych Interregio. 30 września 2015 r., w obliczu groźby upadłości przewoźnika, 50% + 1 udział w Przewozach Regionalnych objęła państwowa Agencja Rozwoju Przemysłu, w zamian za środki finansowe na oddłużenie i odnowę taboru.