W czasie powstania warszawskiego w podziemiach nieukończonego kościoła znajdował się szpital powstańczy. W czasie walk o Żoliborz kościół został częściowo zniszczony. Po II wojnie światowej wznowiono prace budowlane. Opracowano nowy projekt, którego autorem był Edgar Aleksander Norwerth. 7 września 1963 kościół został konsekrowany przez kardynała Stefana Wyszyńskiego.
Msze za Ojczyznę W latach 1974–1987 proboszczem parafii św. Stanisław Kostki był zaangażowany w działalność opozycyjną ksiądz Teofil Bogucki. W latach 1980–1984 rezydentem w parafii był ksiądz Jerzy Popiełuszko, który od października 1980 roku raz w miesiącu wraz z innymi duchownymi z inicjatywy proboszcza parafii odprawiał w kościele św. Stanisława Kostki Msze za Ojczyznę. W latach 1982–1984 liturgie te stały się manifestacjami patriotycznymi i ściągały tłumy ludzi nie tylko z Warszawy, ale i z całej Polski.
Dwa tygodnie po śmierci księdza Jerzego Popiełuszki, zamordowanego przez funkcjonariuszy komunistycznej Służby Bezpieczeństwa, 3 listopada 1984 w kościele św. Stanisława Kostki odbył się jego uroczysty pogrzeb, który podobnie jak Msze za Ojczyznę ściągnął tysiące wiernych.