Kościół jubileuszowy W latach 1999–2001 w związku z ustanowionym przez papieża Jana Pawła II Rokiem Jubileuszowym kościół parafialny św. Stanisława Kostki pełnił funkcję świątyni jubileuszowej. 17 maja 2000 odbyła się tutaj uroczysta msza z udziałem przedstawicieli Episkopatu Polski.
W 2000 dokonano prac remontowych w kościele oraz przebudowano prezbiterium.
Arcybiskup Metropolita Warszawski Kazimierz Nycz w dniu 19 października 2010 podniósł świątynię do rangi Sanktuarium Diecezjalnego Błogosławionego Księdza Jerzego Popiełuszki. Na dni z możliwością uzyskania odpustu zupełnego arcybiskup wyznaczył: Dzień imienin Jerzego – 23 kwietnia; Rocznice uroczystości beatyfikacyjnej – 6 czerwca; Liturgiczne wspomnienie Błogosławionego Jerzego Popiełuszki – 19 października. Miejsce pielgrzymkowe Od 1984 świątynia stała się miejscem pielgrzymkowym dla wszystkich, którzy odwiedzają znajdujący się przed frontonem kościoła grób błogosławionego ks. Jerzego Popiełuszki. 14 czerwca 1987 kościół odwiedził w tym celu papież Jan Paweł II.