19 października 1996 (w 12. rocznicę męczeńskiej śmierci) z inicjatywy Regionu Świętokrzyskiego „Solidarność” po lewej stronie dziedzińca ustawiono dwumetrowy pomnik ks. Jerzego Popiełuszki zaprojektowany przez Teresę Pastuszka-Kowalską. Do stworzenia rzeźby użyto czerwonej kamionki suchedniowskiej. Figura przedstawia prezbitera z wyciągniętymi dłońmi w geście powitalnym. Na piedestale wyryto napis ks. Jerzy Popiełuszko (1947–1984). Zło dobrem zwyciężaj. Pomnik poświęcił prymas Polski kard. Józef Glemp.
19 października 2004 w związku z rocznicą śmierci księdza Jerzego Popiełuszki w kościele św. Stanisława Kostki odbyła się uroczysta msza, w której uczestniczyło ponad 20 tysięcy wiernych. W tym samym czasie w podziemiach kościoła otworzono muzeum poświęcone osobie księdza Jerzego Popiełuszki. W muzeum zgromadzone są pamiątki po kapłanie. Eksponaty są wystawione w kilku salach znajdujących się w podziemiach kościoła. Jedna z sal symbolizuje miejsce zamordowania ks. Jerzego i wrzucenie jego ciała do wody. Na zwiedzających silne wrażenie wywiera wyświetlany film z wydobycia zwłok księdza. W gablocie umieszczonej na ścianie znajduje się ubranie, które miał na sobie w dniu zamordowania, pałka milicyjna, którą był bity oraz sznur, którym skrępowano mu ręce. W muzeum zgromadzono także sporo pamiątek z życia błogosławionego.