Między innymi znajduje się kołyska z jego domu, mnóstwo dokumentów i drobiazgów. W kolejnej sali znajdują się zdjęcia z jego pogrzebu.
Przy kościele znajdują się także groby byłych proboszczów: Teofila Boguckiego i Zygmunta Malackiego.
Kościół był plenerem zdjęć do filmów biograficznych: Popiełuszko. Wolność jest w nas (2009) oraz Żeby nie było śladów (2021).
Opis kościoła Architektura Kościół św. Stanisława Kostki w Warszawie to monumentalna dwuwieżowa świątynia zbudowana w stylu modernistycznym z elementami neoromańskimi. Zamysł architekta projektującego obiekt polegał na próbie połączenia w konstrukcji kościoła współczesnej architektury z formami tradycji bazylik wczesnochrześcijańskich. Wnętrze kościoła jest trzynawowe, z dwiema dużymi kaplicami – Matki Bożej i Serca Pana Jezusa. Wokół prezbiterium znajduje się obejście, a nad ołtarzem głównym baldachim.