Zdecydowano o ustroju monarchistycznym, a powracający Jerzy II niezwłocznie przystąpił do krwawych represji w wojsku.
Po utworzeniu DSE, KC KKE mianował Wafiadisa przywódcą tej nowej formacji partyzanckiej. W latach 1947–1948 partyzanci osiągali duże sukcesy militarne i propagandowe, faktycznie kontrolując znaczną część terytorium kraju. W grudniu 1947 Wafiadis został też mianowany premierem i ministrem wojny tymczasowego demokratycznego rządu (potocznie określanego przez ludność jako „Rząd z Gór”). W późniejszej fazie wojny domowej sytuacja partyzantów uległa gwałtownemu pogorszeniu, wskutek udzielenia rządowi Grecji decydującej pomocy militarnej przez rząd USA. Ostro zarysowały się wtedy różnice zdań w kwestiach doktryny wojskowej pomiędzy Markosem Wafiadisem a nie posiadającym dostatecznej wiedzy wojskowej Nikosem Zachariadisem. W ich następstwie, w sierpniu 1948, Wafiadisa usunięto z kierownictwa wojsk i armia partyzantów poniosła wtedy serię krwawych, spektakularnych porażek, a następnie także ciężkie klęski. W styczniu 1949 Wafiadisa odwołano ze wszystkich pełnionych funkcji, a w październiku 1950 pozbawiono członkostwa w Komunistycznej Partii Grecji.