W warunkach przymusowego odosobnienia przebywał wówczas w ZSRR, gdzie schronił się po klęsce DSE w wojnie domowej.
Po wojnie domowej Po zakończeniu epoki Stalina Markos Wafiadis został przywrócony do KKE i został wybrany na członka jej Biura Politycznego Komitetu Centralnego partii. Jednakże spory z kierownictwem partii doprowadziło do jego usunięcia z urzędu w styczniu 1958 i do drugiego wykluczenia z KKE w czerwcu 1964. Po przewrocie wewnętrznym w 1968 roku, członkostwo w KKE zostało mu przywrócone.
Po 35 latach pozostawania na emigracji w ZSRR, w marcu 1983, Markos Wafiadis powrócił do Grecji. Później opublikował swoje wspomnienia. W 1984 ukazał się też wywiad z nim, obciążający ZSRR i Wielką Brytanię winą za obie wojny domowe, nieprzypadkowo wywołane i w Grecji i w Polsce. Jego fragmenty przytacza m.in. program „Reportaż bez Granic” Programu Pierwszego ERT (państwowej greckiej telewizji).
W listopadzie 1989 oraz w kwietniu 1990 został wybrany honorowo do greckiego parlamentu z listy krajowej PASOK (czyli niekomunistycznej, dużej partii centrolewicy), podkreślając, że z przekonań pozostaje komunistą oraz że komunizm jest (w jego przekonaniu) realnie możliwym do zbudowania systemem.