W pierwszych latach po I wojnie światowej i odzyskaniu niepodległości przez Polskę świątynia nadal pozostawała zamknięta – nie figuruje ani w wykazie prawosławnych cerkwi przeznaczonych do otwarcia przez Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego z 1919, ani na liście trzydziestu faktycznie otwartych obiektów z 1921. Nie została jednak również nigdy zrewindykowana na rzecz Kościoła katolickiego, w odróżnieniu od ponad 20 analogicznych obiektów w najbliższych miejscowościach. W 1923 była już jednak ponownie siedzibą parafii, jednej z piętnastu prawosławnych placówek duszpasterskich w dekanacie chełmskim diecezji warszawsko-chełmskiej. Jej filią była cerkiew w Krupem. Świątynie w Krupem i Bończy były jedynymi czynnymi cerkwiami prawosławnymi w powiecie krasnostawskim. Otwarcie etatowej parafii w Bończy było możliwe dzięki staraniom dziekana chełmskiego ks. Olimpiusza Denisiewicza, a także księży Włodzimierza Matwiejczuka i ks. ppłk Józefa Dyńko-Nikolskiego. W 1928 liczbę parafian szacowano na 3179 osób, przy czym dane policyjne wskazywały liczbę niższą – 3090 osób uczęszczających do cerkwi w Bończy i w Krupem. We wrześniu 1932 cerkiew odwiedził w ramach wizyty kanonicznej biskup Sawa (Sowietow).