Cerkiew pozostawała czynna w czasie II wojny światowej, nadal uczęszczało do niej wówczas ponad 450 osób. W 1945 lub 1946 proboszcz parafii i 70% wiernych wyjechało do ZSRR. Pozostała część wiernych została wysiedlona z Bończy w ramach Akcji „Wisła”. Po wywózkach ludności ukraińskiej cerkiew została zamknięta. Mimo porzucenia obiekt nie został zdewastowany, jego wyposażenie przetrwało. Starania o jej otwarcie podjął w 1954 ks. Aleksy Baranow, który w czasie wizyty w miejscowości przekonał się, że nadal pozostawało w niej ok. 700 osób wyznania prawosławnego. Inicjatywę tę poparł metropolita warszawski i całej Polski Makary, który uzyskał zgodę na reaktywację parafii, mimo początkowej niechęci Urzędu ds. Wyznań, w pierwszej połowie 1956 r. Regularne nabożeństwa w cerkwi były jednak odprawiane dopiero od 1958; następnie w latach 1974–1989 w świątyni odbywały się jedynie okazjonalne uroczystości religijne odprawiane przez kapłanów z parafii św. Jana Teologa w Chełmie. Według innego źródła cerkiew posiadała stałego administratora w latach 1956–1989 i dopiero później z powodu małej liczby wiernych zaczęła być obsługiwana przez duchowieństwo z Lublina, Chełma lub Hrubieszowa, zaś stały proboszcz wrócił do Bończy w 2007. W 1965 doszło do próby podpalenia obiektu.