W latach 2002–2007 pełnił funkcję zastępcy dyrektora Zespołu Wstępnej Kontroli Skarg Konstytucyjnych i Wniosków w Biurze Trybunału Konstytucyjnego. Od listopada 2007 do lipca 2010 był zastępcą rzecznika praw obywatelskich. Od czerwca 2010 zajmował stanowisko przewodniczącego Rady Legislacyjnej XI kadencji.
26 listopada 2010 Sejm wybrał go na sędziego Trybunału Konstytucyjnego. 3 grudnia 2010 złożył ślubowanie, rozpoczynając dziewięcioletnią kadencję. W styczniu 2017 prokurator generalny Zbigniew Ziobro skierował do TK wniosek kwestionujący zgodność z Konstytucją RP uchwały o wyborze Marka Zubika oraz Stanisława Rymara i Piotra Tulei. Marek Zubik nie był w późniejszym czasie wyznaczany do składów orzekających. Trybunał Konstytucyjny nie rozpoznał wniosku do końca jego kadencji, która zakończyła się 3 grudnia 2019.
W 2024 objął funkcję redaktora naczelnego „Przeglądu Sejmowego”.
Publikacje Jest autorem, współautorem lub redaktorem około 150 publikacji naukowych. Publikował na łamach m.in.