W latach 1938−1939 był kierownikiem artystycznym i choreografem Polskiego Baletu Reprezentacyjnego, z którym odbył trasę m.in. po Polsce, Francji i Luksemburgu oraz wystąpił w 1939 na Wystawie Międzynarodowej w Nowym Jorku. mały|Nina Rajewska i Leon Wójcikowski (1936) W latach okupacji kierował Miejską Szkołą Baletową w Warszawie, a także uczył w szkole baletowej Zygmunta Dąbrowskiego i szkole Zofii Pflanc-Dróbeckiej oraz we własnym studiu baletowym. W tym okresie tańczył podczas tzw. poranków baletowych organizowanych w kawiarni „Kameleon” w Warszawie i występował w Teatrze Powszechnym w Krakowie (Wiosenna trzynastka, Wieczór baletowy). W styczniu 1945 założył grupę taneczną, w której występował m.in. ze Stanisławą Stanisławską. Z zespołem tańczył m.in. podczas koncertów baletowych w Teatrze Kameralnym w Krakowie, a także otrzymał pozwolenie na występy w całej Polsce. W Krakowie uczył tańca klasycznego i hiszpańskiego w swojej Szkole Tańca Leona Wójcikowskiego i w Szkole Tańca Artystycznwgo Janiny Jarzynównej-Sobczak. W 1946 został choreografem Sceny Muzyczno-Operowej Miejskich Teatrów Dramatycznych w Warszawie. W tym okresie często tańczył duety z Marią Krzyszkowską.