Od września do grudnia 1807 r. trwały działania, które miały uniezależnić nowo utworzoną Deputację Administracyjną w Toruniu od departamentu bydgoskiego, które jednak nie przyniosły pozytywnych rezultatów. Dnia 30 grudnia 1807 r. dzięki wpływowemu prefektowi departamentu bydgoskiego Antoniemu Gliszczyńskiemu deputacja w Toruniu została zlikwidowana, a Toruń i ziemia chełmińska włączone do departamentu bydgoskiego. W ten sposób mniejsza Bydgoszcz (ok. 4 tys. mieszk.) stała się siedzibą departamentu, obejmującego na prawach podprefektury większy Toruń (ok. 7 tys. mieszk.). Niezadowolenie mieszkańców Torunia załagodzono przez umieszczenie w tym mieście władz wojskowych i szkolnych departamentu oraz wydzielenie miasta, które zarządzane było przez prezydentaBiegański Zdzisław: Kształt terytorialno-administracyjny regionu kujawsko-pomorskiego w XIX i XX wieku [w.] Związki Kujaw i Pomorza na przestrzeni wieków. Zbiór studiów pod red. Zdzisława Biegańskiego i Włodzimierza Jastrzębskiego. Prace komisji historii BTN t. XVII: Bydgoszcz 2001. str. 44.
Ostatecznie według dekretu księcia warszawskiego Fryderyka Augusta z 19 grudnia 1807 roku departament bydgoski objął część terytorium byłego Obwodu Nadnoteckiego (4 powiaty), ziemię chełmińską (3 powiaty) i część Kujaw (3 powiaty).