W strefie zamku eksplorowano 24 wykopy położone w strefie obrysu, dziedzińca wewnętrznego i przedpola dawnej budowli. Badania wykazały niemal całkowitą destrukcję obiektu. Wykryto jedynie pozostałość kamienno-ceglanego fundamentu wschodniej wieży narożnej oraz duże ilości gruzu ceglanego, zaprawy i spalenizny. Nieopodal znaleziono liczne przemieszane relikty ceramiki wczesnośredniowiecznej (z okresu egzystencji grodu bydgoskiego) oraz z okresu XV-XVII wieku (czasu egzystencji zamku).
2008 rok Podczas wykopów pod ciepłociąg w ciągu ul. Grodzkiej we wrześniu 2008 odkryto fundamenty narożnika północno-zachodniej wieży zamku. Stwierdzono, że wieżę usytuowano na płaszczu kamiennym spoczywającym na drewnianych konstrukcjach wału obronnego wczesnośredniowiecznego grodu kasztelańskiegoDygaszewicz Elżbieta: Skrawki wykopanej historii. [w.] Kalendarz Bydgoski 2010.
2016 rok Badania realizowane w związku z rozpoczęciem budowy biurowca Immobile K3 przy Placu Kościeleckich (rejon dawnej fosy zamkowej) - od czerwca do września 2016.