Lata 1889–1910 Najwcześniejsze prace wykopaliskowe w strefie dawnego wzgórza zamkowego (1889) przyniosły odkrycie licznych fragmentów ceramiki i kości, łyżew kościanych i żelaznego toporka. Podczas rozbiórki zamku w 1895 pozyskano kilkanaście kamiennych kul armatnich, czaszkę tura, fragmenty poroża oraz późnośredniowieczną kielnię murarską. Kolejne badania z 1910 roku dostarczyły kilkanaście fragmentów ceramiki i kości.
Lata 1963–1970 W 1963 roku badania przeprowadzili pracownicy działu archeologii Muzeum Okręgowego im. Leona Wyczółkowskiego w Bydgoszczy przy okazji budowy plebanii kościoła Jezuitów przy Placu Kościeleckich. Analizy odwiertów wskazywały na istnienie w tym rejonie dwóch fos oraz wału drewniano-ziemnego. Kolejne badania przeprowadzone w 1970 roku na dziedzińcu obecnego gmachu Seminarium Duchownego odsłoniły stok wzgórza grodowego z warstwami rumowiskowo-zasypiskowymi oraz fragmentem fosy.
Lata 1992–1997 Badania prowadził Zespół do Badań Dziejów Bydgoszczy w ramach Uniwersyteckiego Centrum Archeologii Średniowiecza i Nowożytności UMK w Toruniu.