Brał udział w kampanii wrześniowej. Przedostał się do Rumunii, przez Jugosławię i Włochy dostał się do Francji. Uczestniczył w kampanii francuskiej w 1940 roku jako lekarz komendant pociągu lazaretowego. Razem z rannymi trafił do Anglii i do obozu w Crawford Castle. Zmarł 30 stycznia 1942 roku w Perth, pochowany jest na tamtejszym cmentarzu (grób 18C)Polish War Grave – Perth, Scotland. Józef Stefan Szper.. Nekrolog ukazał się w „Lekarzu Wojskowym”K.D. „Śp. Kapitan dr Józef Szper”. Lekarz Wojskowy 34, 4, s. 255–256 (1942)..
Zaprzyjaźniony z rodziną Zofii Nałkowskiej. Był znajomym Michała Choromańskiego i pomagał mu przy pisaniu Zazdrości i medycynyZofia Nałkowska: Dzienniki: 1909–1917, T. 2. Czytelnik, 1975.. Leczył Bolesława LeśmianaKędziora A. Akta osobowe Bolesława Leśmiana w zbiorach Archiwum Państwowego w Zamościu PDF.. Dwukrotnie sportretował go (w 1929 i 1930) Witkacy.
Pierwszy raz ożenił się jako student w Paryżu. Potem był narzeczonym Eugenii Beylin, a po jej śmierci ożenił się z jej siostrą Marią (ur. 1892) i rozwiódł w 1919 roku. Syn Konstanty zmarł w wieku dwóch lat na błonicę. 30 października 1919 ożenił się po raz trzeci, z lekarką Natalią Emilią z Kamińskich (1896–1959). Mieli syna Andrzeja (1921–1985).