W czerwcu 1950 wezwany na przesłuchanie w Urzędzie Bezpieczeństwa w związku z działalnością w NSZ podczas II wojny światowej, został aresztowany i przez 3 miesiące był poddawany ciężkiemu śledztwu. Ponownie aresztowany w sierpniu następnego roku, został osadzony w więzieniu mokotowskim w Warszawie. Śledczy uznali go za współpracownika antypaństwowego ośrodka, którym kierował biskup Czesław Kaczmarek. Torturami psychicznymi i fizycznymi prowadzonymi pod nadzorem sowieckich oficerów starano się uzyskać przyznanie się do stawianych mu fikcyjnych zarzutów. W procesie biskupa Kaczmarka wyznaczono mu rolę świadka. Podczas rozprawy odczytał spreparowane przez śledczych pismo, jednak o nic nie oskarżył biskupa i innych aresztowanych księży. W kwietniu 1954 rozpoczął się jego proces. Oskarżony został m.in. o wrogość wobec ustroju socjalistycznego i ZSRR, lojalność wobec Niemców oraz przynależność do NSZ i posługę duszpasterską wśród żołnierzy wyklętych, a także posiadanie obcych walut i handel nimi (były to zagraniczne darowizny na rozbudowę gmachu seminarium). W czerwcu 1954 został skazany na łączną karę 7 lat pozbawienia wolności, utratę praw publicznych i obywatelskich na 4 lata i przepadek mienia na rzecz Skarbu Państwa. Był więziony na Mokotowie w Warszawie, a potem w Sztumie i we Wronkach.