Flick nie uznał wyroku, a sędziom zarzucił, że obrażają niemieckich przemysłowców: „Żadna spośród wielu osób, które znają mnie i moich współoskarżonych, nie zechce uwierzyć, że jesteśmy winni zbrodniom przeciw ludzkości, i nikt nam nie zarzuci, że jesteśmy kryminalistami”. Flick poczuwał się za niewinnego i nie zgadzał się z wyrokiem. W swoim postępowaniu widział działanie w stanie wyższej konieczności. Jako jedyny przemysłowiec złożył odwołanie od wyroku. 25 lutego 1950 został zwolniony z zakładu karnego w Landsbergu. Do stycznia 1951 wszyscy niemieccy przemysłowcy skazani za zbrodnie wojenne, w tym Flick, zostali uwolnieni aktem łaski wydanym przez amerykańskiego Wysokiego Komisarza Niemiec .
Lata powojenne Grupa kapitałowa Flicka po wojnie w połowie znajdowała się na terytorium NRD i uległa tam nacjonalizacji, pozostała część była zaś w 90% własnością jego synów i tylko w 10% jego samego, przez co uniknął procesu dekoncentracji dużych firm. Imperium zostało szybko odbudowane i już w 1955 w jego skład wchodziło ponad 100 firm o rocznych obrotach przekraczających 2 mld dolarów (m.in. 40% akcji Daimler-Benz, udziały w Feldmühle, , i KraussMaffei;