Status Kościoła samorządnego został nadany Estońskiemu Kościołowi Prawosławnemu przez patriarchę Tichona w 1920. Pierwszym jego zwierzchnikiem został metropolita Aleksander (Paulus). W 1923 Estoński Kościół Prawosławny, nie bez nacisków ze strony władz państwowych, wystąpił o przejście pod jurysdykcję patriarchy Konstantynopola, czego Rosyjska Cerkiew Prawosławna nie uznała. W 1939 Estoński Kościół Prawosławny posiadał 159 działających parafii, jedno seminarium duchowne oraz trzy monastery.
Po włączeniu Estonii do ZSRR władze państwowe zaczęły utrudniać działalność Kościoła, podobnie jak wszystkich związków wyznaniowych. Część wiernych, na czele z metropolitą Aleksandrem, zdecydowała się na emigrację i powołanie zagranicznego egzarchatu podległego patriarsze Konstantynopola. Struktury kościelne pozostałe w Estonii zostały ponownie włączone do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego.