Po upadku ZSRR część duchowieństwa prawosławnego w Estonii postanowiła wrócić pod jurysdykcję patriarchy Konstantynopola, część była temu przeciwna. W ten sposób na terenie kraju działają dwa Kościoły prawosławne: Estoński Kościół Prawosławny Patriarchatu Moskiewskiego oraz Estoński Apostolski Kościół Prawosławny. Obydwie struktury nie utrzymywały ze sobą kontaktów, a konflikt między nimi doprowadził do pogorszenia relacji między Rosyjskim Kościołem Prawosławnym a Patriarchatem Konstantynopolitańskim. W 2010 obydwa Kościoły estońskie zadeklarowały jednak chęć wznowienia kontaktów.
W 2024 r., po rozmowach między przedstawicielami Kościoła i rządu estońskiego, obie strony ogłosiły, iż Estoński Kościół Prawosławny opuści jurysdykcję Patriarchatu Moskiewskiego. Ministerstwo spraw wewnętrznych Estonii zamierza wystąpić w roli pośrednika między Estońskim Kościołem Prawosławnym i Patriarchatem Konstantynopolitańskim, by docelowo doszło do zjednoczenia wszystkich prawosławnych struktur w kraju w jednym niezależnym Kościele.
W 2025 r.