Katastrofy i wypadki thumb|B-1B podczas awaryjnego lądowania w 1994 We wrześniu 1997 roku należący do 28 Skrzydła Bombowego samolot uległ katastrofie, rozbijając się na skutek błędu pilota. Wszyscy członkowie załogi zginęli. Była to pierwsza katastrofa bombowca B-1B od momentu wprowadzenia do służby w 1986 roku. 18 lutego 1998 roku, wykonujący misję ćwiczebną bombowiec B-1B Lancer, wystartował z bazy lotniczej Dyess w Abilene w zachodnim Teksasie. Podczas lotu wskaźniki pokładowe zarejestrowały awarię silnika numer 3, a załoga zgodnie z procedurą odłączyła pompy paliwowe uszkodzonej jednostki napędowej. Na skutek zwarcia w panelu sterującym nastąpił pożar i wyłączenie wszystkich silników samolotu. Nie powiodły się próby ich powtórnego uruchomienia i załoga była zmuszona katapultować się z maszyny. Wszyscy członkowie załogi uratowali się z tej katastrofy. W grudniu 2001 roku, należący do 28 Skrzydła Bombowego bombowiec B-1B Lancer, oznaczony kryptonimem Icecube 44, wykonujący misję bojową, której celem był Afganistan, podczas przelotu nad Oceanem Indyjskim uległ katastrofie na skutek awarii systemów elektrycznych maszyny. Wszyscy członkowie załogi katapultowali się i po dwóch godzinach zostali uratowani. 4 kwietnia 2008 roku, B-1B zapalił się podczas lądowania w bazie lotniczej USA Al Udeid w Katarze.